会計検査院は、11月5日に内閣へ送付した令和7年度決算検査報告で、中小企業基盤整備機構（中小機構）が道県に無利子で資金を貸し付けて造成した「地域中小企業応援ファンド」などについて、規模の見直しと事業効果の検証が不十分だと指摘した。5道県の6ファンドは、道県が自ら定めた見直し基準に2025年度末時点で4〜6年続けて該当していたのに、規模を見直していなかった。この6ファンドに対する機構の貸付残高は160億円。検査院は中小企業庁長官と中小機構理事長に宛てて、機構に償還へ向けた具体的な協議を行うよう改善の処置を求め、ファンド事業全体の効果を検証して公表する体制を整えるよう意見を表示した。
国の出資金を道県に貸し、運用益で助成する仕組み
検査報告によると、中小企業庁は2007年度に「地域中小企業応援ファンド（スタート・アップ応援型）融資事業」を、2008年度に「農商工連携型地域中小企業応援ファンド（スタート・アップ応援型）融資事業」を創設した。前者は地域資源を生かした中小企業の創業や新事業を、後者は中小企業と農林漁業者が組んで取り組む創業や経営の革新を支援する。検査報告はこの2つを合わせて「ファンド融資事業」と呼ぶ。
財源は政府出資金を主な原資とする中小機構の高度化融資制度だ。ファンドを造成する都道府県に対し、機構が造成額の80％以内を、償還期限10年以内・無利子で貸し付ける。都道府県はこの資金を公益財団法人などの運営管理法人に貸し付け、地元の金融機関などの資金と合わせてファンドの元本にする。運営管理法人は元本の全額を国債や地方債などで運用し、そこから生じる運用益を、県内の中小企業への助成金に充てる。元本そのものは取り崩さず、利息で事業を回す設計である。
ファンドの設置期間は1期10年で、2025年度末時点で事業は2期目に入っている。2期目のファンドを造成しているのは北海道、岩手、宮城、秋田、福島、茨城、栃木、千葉、新潟、石川、福井、山梨、岐阜、愛知、兵庫、和歌山、鳥取、徳島、香川、愛媛、高知、長崎、大分の23道県で、ファンドの数は35。機構の貸付残高は、地域型の22道県28ファンドに計1253億2000万円、農商工連携型の7県7ファンドに計136億円、合わせて1389億2000万円にのぼる。
都道府県は、事業の実績を踏まえて一定の年度ごとにファンドの規模を見直すことになっている。運用益のうち使い道が決まらずに翌年度へ繰り越す額は「用途未確定繰越額」と呼ばれ、設置期間の終わりに残った分のうち、機構からの借入金に見合う額（機構見合分）は機構に返す決まりだ。
13年前にも同じ問題を指摘
ファンドの規模をめぐる指摘は今回が初めてではない。検査院は2013年10月、機構が助成事業の収支を十分に把握しておらず、都道府県が実績に応じた規模の見直しをしていないとして、会計検査院法36条に基づき機構理事長に改善の処置を求めていた。
機構は同年11月、44都道府県に通知を出し、規模の見直しや貸付金の一部繰上償還による規模の圧縮を周知した。造成から5年をめどに見直すよう助言し、2014年4月には運用益と助成金の比率（収支割合）を毎年度報告させる仕組みも加えた。見直しの基準は「都道府県自らが定める必要がある」とし、機構は例を4つ示すにとどめた。
機構は都道府県が出す実績評価報告書でファンドの規模を把握している。報告書の様式では、「繰越比率」と「応募倍率」の2つの指標で9つの区分を設けている。繰越比率は、その年度末の用途未確定繰越額をその年度の運用益で割った値で、1倍なら1年分の運用益が使われずに残っている状態を指す。応募倍率は、助成の応募件数を事業計画で見込んだ件数で割った値だ。繰越比率が2倍以上で応募倍率が2倍未満の区分（⑧と⑨）は「特に要注意」とされる。機構は2024年度から、この区分に2年度続けて該当したファンドについて、道県から今後の方針を個別に聞き取ることにしていた。
一方で、中小企業庁は2019年度以降、事業再構築や省力化投資、新市場進出などの補助事業を相次いで設けている。同じ令和7年度決算検査報告は、ものづくり補助金でも中小企業庁と機構に是正を求めている（ものづくり補助金の賃上げ要件、30事業で未達を見逃し 会計検査院が中小企業庁と中小機構に是正要求）。検査院は、こうした補助事業の拡充でファンドの助成への需要が縮む可能性があり、規模を適時に見直すことの重要性が増したとみている。2期目のファンドは2027年度以降、順次期限を迎え、中小企業庁と機構は3期目の制度設計を検討している。
2年度続けて「特に要注意」が7道県10ファンド
検査院が23道県35ファンドの2023〜2025年度の状況を調べたところ、12道県16ファンドが「特に要注意」の区分（⑥〜⑨）に1回以上該当していた。このうち7道県10ファンドは、⑧か⑨の区分に2年度続けて該当していた。各年度で⑧か⑨に入ったファンドの数は、2023年度と2024年度が10、2025年度が11だった。
| 道県 | ファンド | 2023年度 | 2024年度 | 2025年度 | 2025年度の繰越比率 |
|---|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 北海道中小企業新応援ファンド（2号） | ⑧ | ⑧ | ⑧ | 6.75倍 |
| 岩手県 | いわて希望応援ファンド（農商工連携型） | ⑨ | ⑨ | ⑨ | 2.52倍 |
| 秋田県 | あきた中小企業みらい応援ファンド | ⑨ | ⑧ | ⑧ | 3.34倍 |
| 秋田県 | あきた農商工応援ファンド | ⑨ | ⑨ | ⑨ | 4.62倍 |
| 栃木県 | とちぎ未来チャレンジファンド | ⑥ | ⑨ | ⑨ | 2.01倍 |
| 岐阜県 | 岐阜県地域活性化ファンド（第1ファンド） | ⑨ | ⑧ | ⑧ | 8.77倍 |
| 岐阜県 | 岐阜県地域活性化ファンド（第2ファンド） | ⑧ | ⑧ | ⑧ | 7.56倍 |
| 和歌山県 | わかやま農商工連携ファンド | ⑧ | ⑧ | ⑧ | 3.73倍 |
| 鳥取県 | とっとり起業化促進ファンド（1号） | ⑧ | ⑨ | ⑨ | 3.47倍 |
| 鳥取県 | とっとり起業化促進ファンド（2号） | ⑨ | ⑨ | ⑥ | 1.93倍 |
このうち北海道、岩手、栃木、岐阜、鳥取の5道県6ファンドは、2025年度末時点で、道県自身の見直し基準にも4〜6年続けて該当していた。それでも、いずれの道県も規模を見直していなかった。機構はこのうち3県から方針を聞き取っていたが、見直しの主体は都道府県だという制度の建前から、「中小企業への情報提供を強めれば助成額が増える可能性がある」といった県の説明を受けて、推移を見守るにとどめていた。
検査院は、背景にある制度の問題も2つ挙げた。1つは見直し基準のばらつきだ。数値の基準を置くのが14道県21ファンド、数値を置かず計画と実績の比較などで判断するのが5県6ファンド、両方が混在するのが6県8ファンドだった。数値の基準でも、繰越比率で見ると基準値に最大2倍の差があり、ある県では見直しが必要とされる水準を超えていても、別の県では不要とされていた。もう1つは、1期目の期限到来時に残った額の扱いだ。13道県21ファンドがこれを2期目の助成に充てていたが、うち5道県8ファンドは実績評価報告書に記載していなかった。このため機構も道県もファンドの規模を正確に把握できず、合算すれば⑧か⑨に2年度続けて該当する3道県4ファンドに、機構は注意喚起をしていなかった。
岐阜県の2ファンド、繰越は運用益の8.77倍
検査報告は岐阜県を事例に挙げた。同県の「岐阜県地域活性化ファンド」は2本あり、第1ファンドは総額50億1000万円（2025年度末の機構の貸付残高40億円）、第2ファンドは総額33億6111万円余（同20億円）。県は見直しの基準を、いずれも「繰越比率が2倍以上となっていないか」と定めていた。
両ファンドは2020年度末からこの基準に該当し続け、2025年度末の繰越比率は第1ファンドが8.77倍、第2ファンドが7.56倍に達した。使い道の決まらない繰越額が、年間の運用益の7〜9年分たまっていることになる。機構の区分でも⑧か⑨に3年度続けて該当していた。機構は、応募の手続きを簡素にすれば応募が増えるという県の説明を受けて推移を見守り、規模の見直しに向けた具体的な協議はしていなかった。
元本を減らすことも簡単ではない。両ファンドは元本を償還期間10年の債券で運用しており、金利の上昇で債券の価格が下がっている。繰上償還のために債券を売ると、県の試算で各ファンド数千万円程度の売却損が出る。
ただし、用途未確定繰越額は元本とは別に現預金で保管されている。検査院は、これなら損失を出さずに返せるとみた。2期目に入ってから2025年度末までで最も多かった年間の助成金交付額（第1ファンド916万円余、第2ファンド262万円余）が期限まで続くと仮定して試算すると、期限の時点で残る用途未確定繰越額は第1ファンドが6989万円余、第2ファンドが3539万円余、計1億0528万円余になる。このうち機構見合分は計7067万円余で、検査院は県がこの償還を検討する必要があるとした。5道県6ファンド全体では、同じ方法で試算した期限時の用途未確定繰越額は計2億0916万円余、うち機構見合分は計1億3419万円余だった。
全体の効果は検証も公表もされず
検査院は、ファンド融資事業全体の効果が検証されていない点も指摘した。各道県は「売上の計上」「3年以内の商品化」などの成果目標をそれぞれ独自に定めており、共通の目標は無い。中小企業庁と機構は、目標の達成度合いは各道県が評価するものだとして、統一の成果目標を設けていなかった。そのため、政府出資金を主な財源として1389億2000万円を貸し付けている事業全体の効果を、国として測ることができず、公表もしていなかった。検査院はこの貸付残高を「背景金額」として示した。報告全体の指摘金額と主な案件は令和7年度決算検査報告、指摘金額1445億円で前年度の2.7倍 中小機構の案件が約6割にまとめている。
こうした事態が生じた原因として、検査院は、機構が長く基準に該当し続けるファンドの存在を知りながら協議の必要性を十分に理解していなかったこと、中小企業庁と機構が見直しを難しくしている要因の検討を十分にしていなかったこと、事業効果を検証し公表することの重要性への理解が十分でなかったことを挙げた。
そのうえで、会計検査院法36条に基づき3点を求めた。1点目は改善の処置の要求で、機構が5道県6ファンドについて期限時に残る用途未確定繰越額を道県に算出させ、機構見合分の償還を求めるなど、規模の見直しに向けた具体的な協議を行うこと。2点目と3点目は意見の表示で、3期目を続ける場合に、数値で示した適切な見直し基準と2期目の期限到来時の残額の扱いを示して、元本の圧縮を含めて規模を見直せる制度にすること、全国で統一して評価できる成果目標を設け、事業全体の効果を検証し公表する体制を整えることを求めた。
2期目の期限は2027年度から順次訪れる。3期目の制度を続けるかどうか、続けるならどのような見直し基準と成果目標を置くのかを、中小企業庁と機構が決めることになる。