会計検査院は、11月5日に内閣へ送付した令和7年度決算検査報告で、スタートアップに投資した個人の税負担を軽くする「エンジェル税制」について、株を売った時の申告と税務署の審理に不備があったと指摘した。控除を受けた株を売る際に必要な取得費の「調整計算」をしていない申告が延べ52人あり、所得税と復興特別所得税は試算で計3894万円少なくなっていた。株を取得した人の情報が税務署の管理システムに登録されていない例も延べ1817人あった。国税庁は2026年8月に手続きを定めるなどして改善の処置を講じた。
投資した年に控除し、売った時に精算する仕組み
エンジェル税制は、新たな産業と雇用の担い手となるスタートアップへの個人の投資を促すため、租税特別措置法で設けられた特例だ。国税庁の説明によると、投資した個人の税負担を軽くする措置は主に3つある。
1つ目は、設立から10年以内の中小企業などが発行した株（特定株式）を払い込みで取得した場合に、取得にかかった金額を、その年の株の売却益から差し引く「譲渡益控除の特例」だ。2つ目は、設立から5年以内の企業などの株（特定新規株式）について、取得額を寄付金控除の対象にする特例で、総所得金額等の40％か800万円（令和2年分以前は1000万円）の低い方から2000円を引いた額が上限になる。3つ目は、2023年4月から始まった、設立したばかりの会社の株を設立時に取得した場合の特例だ。
いずれも、投資した年の税を軽くする代わりに、課税をその株を売る時まで先送りする「課税の繰り延べ」の性格を持つ。検査報告によると、株を売る時には、取得時に控除した金額を、その株の取得費から差し引いて計算し直す必要がある。これが「調整計算」だ。取得費が小さくなる分だけ売却益が大きくなり、その15.315％が所得税と復興特別所得税として課される。
例えば、ある株に1000万円を投じて全額の控除を受け、後に1500万円で売った場合、取得費は1000万円ではなく、控除分を引いた後の額で計算する。調整計算をしないと、先に受けた控除と売却時の取得費の両方で同じ1000万円を差し引くことになり、税が二重に軽くなる。
国税庁のタックスアンサーには、一定の株について控除の適用額が20億円以下なら調整計算を不要とする仕組みも載っている。ただし2026年1月以後に取得した株を、適用を受けた年の翌年中に売った場合などには、追加の調整計算が要る。
延べ52人が計算せず、28人は管理システムに載っていた
検査院は、2020年から2023年までに特定株式などを取得し、2021年から2024年までに売った人の課税の状況を調べた。全国の524税務署すべてから提出された証拠書類を確かめ、宇都宮、麹町、新宿、横浜南など25税務署では実地で検査した。
国税庁から提出を受けた申告データを突き合わせ、特定株式などを売ったとみられる延べ253人について調べたところ、延べ52人、控除額で計2億5430万円について調整計算がされておらず、申告が適正でなかった。調べた人の約2割にあたる。控除額に税率を掛けて試算した所得税などの増加見込額は計3894万円だった。検査院は、機械的に試算した額で、そのまま増収額になるわけではないとしている。
国税庁は、株を取得した人の情報が税務署の「継続管理システム」に登録されていれば、売却時の審理を適切にできるとしてきた。登録された人が売却の申告をすると、税務署が出力する「株式審理カード」に、特例を受けた人だという警告が表示される。税務署は、その警告を手がかりに取得時の明細書を探し、売却時の申告と突き合わせる。
ところが、延べ52人のうち延べ28人は、システムに情報が登録されていたにもかかわらず、審理で計算漏れを見逃していた。国税庁が税務署向けに定めた事務の手引（資産税事務提要）には、株式審理カードを使うという定めはあったが、審理の具体的な手順は書かれていなかった。
1817人分は警告が出ず、明細書が廃棄されるおそれ
残る延べ24人は、継続管理システムに情報が登録されていなかったため、株式審理カードに警告が表示されず、税務署は特例を受けた人だと把握できなかった。
検査院が2023、2024両年分について、システムの登録データと、申告書に添付された控除の明細書のデータ（延べ2738人）を突き合わせたところ、延べ1817人の登録がされていなかった。全体の約3分の2にあたる。年別では、2023年分が902人のうち488人、2024年分が1836人のうち1329人だった。
| 年分 | 明細書を出した人（延べ） | システムに未登録（延べ） |
|---|---|---|
| 2023年分 | 902人 | 488人 |
| 2024年分 | 1836人 | 1329人 |
| 合計 | 2738人 | 1817人 |
この延べ1817人が株の取得に投じた金額は計74億6706万円にのぼる。売却の時期が来ても警告は表示されない。明細書の保存期間は原則7年で、システムに登録された人の分は株をすべて売るまで保管されるが、登録されていなければ、7年を超えて株を持ち続けた場合には明細書が廃棄され、取得時の状況を確かめられなくなる。検査院は、今後、システムを使って適切な審理ができない状態だとした。74億円余りは明細書の金額を集計したもので、売却時にそのまま控除額になるわけではない。
事務提要には、登録が必要な人が漏れなく登録されているかを確かめる方法も定められていなかった。
国税庁のサイトに計算方法の説明が無かった
検査院は、納税者への周知にも不足があったと指摘した。国税庁は、ウェブサイトのエンジェル税制の質疑応答集で、売却時に調整計算が必要だと周知しているとしていた。しかし、質疑応答集には調整計算が必要だという記載はあったものの、計算方法の具体的な説明は無かった。株の売却全般を扱う質疑応答集でも、調整計算が必要な例が並んでいたが、エンジェル税制の株を売った場合は載っていなかった。
検査院は、こうした状態になった原因として、国税庁が審理の具体的な手順を税務署に示す必要性を認識していなかったこと、登録の漏れを確かめる体制を整える必要性を認識していなかったこと、納税者への周知が十分かの検討が不十分だったことを挙げた。
検査院の指摘を受け、国税庁は2026年8月に次の処置を取った。
- 売却時の審理の具体的な手順を定め、事務連絡を出して国税局を通じて各税務署に周知した
- 取得者の情報を漏れなく登録するよう税務署に周知し、登録を確認できない人を記載したリストで漏れを確かめる体制を整えた
- エンジェル税制の質疑応答集に、調整計算の方法などを書き加えた
検査報告は、この件を「本院の指摘に基づき当局において改善の処置を講じた事項」に分類した。「国民の関心の高い事項等に関する検査結果」の整理では、「制度・事業の効率的、効果的な運営等に関するもの」の一つに挙げている。
投資を促す税制と、売却時の審理
エンジェル税制は、投資した年に税を軽くし、株を売る時に精算することを前提にした制度だ。精算の段階で計算と審理が行われなければ、投資を促すための税の先送りが、結果として税の減免になってしまう。
スタートアップへの投資は、上場や買収で株を売るまでに長い年月がかかることが多い。今回の検査で、取得時の情報を税務署が持ち続ける仕組みに漏れがあったことは、売却が本格化するのがこれからの株にも及ぶ。延べ1817人、74億円余りの取得分を将来の売却時に審理できるかどうかは、国税庁が新たに整えたリストで登録を補えるかどうかで決まる。
令和7年度決算検査報告の全体の指摘件数と金額は、令和7年度決算検査報告、指摘金額1445億円で前年度の2.7倍 中小機構の案件が約6割にまとめている。同じ報告で中小企業向けの支援策を取り上げた案件には、ものづくり補助金の賃上げ要件、30事業で未達を見逃し 会計検査院が中小企業庁と中小機構に是正要求がある。
投資家にとっては、エンジェル税制の控除を受けた株を売る年の確定申告で、取得費から控除額を差し引いて計算し直す必要がある。国税庁は、計算方法を質疑応答集とタックスアンサーで示している。