政府と東京都は11月11日、首相官邸で「国と東京都の協議会」の第3回会合を開いた。木原稔官房長官と小池百合子都知事らが出席し、午後6時5分から30分間、国と都がそれぞれ説明した。都は提出資料で、地方法人課税の見直しによって年1.6兆円の都税が他の道府県に配られていると訴え、国が検討しているとする追加の税制措置に反対した。東京23区で大学の定員増を禁じる規制の撤廃、首都圏の道路・鉄道・羽田空港・東京港の整備財源の確保も求めた。国は年末までに策定する「日本成長戦略実行計画」と地域未来戦略の取り組みを説明した。
都「財源超過額は存在しない」 追加の税制措置に反対
都の資料は、税制についての主張に最も多くの紙幅を割いた。資料によると、国は都の「財源超過額」を根拠に、都市と地方の財政力の格差が広がっているとして、都税を対象にした追加の措置を検討している。都はこれに「追加措置を行う根拠はなく」「更なる税制上の措置は行うべきでない」と反論した。
「財源超過額」は地方交付税の算定で使う数字で、国が一定の基準で見積もった自治体の収入（基準財政収入額）が、必要な支出（基準財政需要額）を上回った分を指す。都の資料によると、都の財源超過額は約2.2兆円とされている。
都はこの数字を「交付税算定上の理論値に過ぎず」と退けた。昼間に都外から通勤・通学する人口は実際には304万人だが、算定では72万人として扱われているなど、都の支出が少なく見積もられているという。都が挙げた算定に入っていない需要は、昼間流入人口などで4,700億円、国会や官邸の警備を含む警察活動で1,700億円、高層ビル群や地下街を抱える消防活動で850億円、教員・職員の給与関係費で6,500億円、下水道で1,200億円、道路・橋で1,200億円、中小河川の整備や木造住宅密集地域の不燃化などで5,800億円。合計で約2.2兆円になり、財源超過額と同じ規模の需要があると主張した。
都はまた、人口1人当たりの一般財源（使い道の決まっていない財源）は、地方交付税などを加えて比べると全国平均と同じ水準だとして、是正すべき「偏在」は無いと訴えた。
年1.6兆円、累計12.6兆円が他道府県へ
都の資料によると、2008年度（平成20年度）以降、地方法人課税は何度も見直され、都税の一部が国を通じて他の道府県に配られるようになった。2026年度の当初予算ベースで、法人事業税の一部を国税にした分（特別法人事業譲与税）が7,050億円、法人住民税の一部を地方交付税の原資にした分が8,943億円。合わせて年1.6兆円で、それぞれ始まってからの累計は6.6兆円と6.1兆円、計12.6兆円になる。
都は、1道府県当たり平均で約350億円が配られていると試算した。北海道には約1,000億円、大阪府に865億円、神奈川県に706億円、埼玉県に682億円が回ったという（2024年度実績を基にした理論値）。
そのうえで、地方への配分額は国税4税（所得税・法人税・酒税・たばこ税）から回る分だけで賄えており、都の拠出分は配分額を増やしていないと主張した。2026年度の地方財政計画を基に、国税4税から生じる交付税原資が21.0兆円、地方に配る交付税が20.2兆円と示し、都の拠出分1.6兆円は「使途や効果はわからない」と書いた。
都は代わりに、地方交付税制度そのものの見直しを提案した。現行制度では、自治体の税収が増えても75％は交付税の減額で相殺され、手元に残るのは「留保財源」と呼ぶ25％分にとどまる。都はこの割合を30％に引き上げるよう求め、必要な約2兆円は、国が交付税の原資の増収分で借入金を前倒しで返した額と同じ程度だと説明した。都の試算では、交付税を受けるすべての団体で、人口1人当たり約1.7万円の増額になるという。
都は子育て施策も交付税の算定に入れるよう求めた。都の資料によると、2026年上半期（概数）の日本人の出生数は、都が4万1,745人で前年同期から4.7％増えた一方、都を除く46道府県では27万8,713人で0.2％減った。乳幼児医療費の助成のように、多くの自治体が独自に実施している事業に交付税措置をすべきだとした。
23区の大学定員規制「確実に撤廃を」
都は、東京23区での大学の定員増を抑える規制について、資料の見出しで「不合理な23区大学定員の規制は確実に撤廃すべき」と書いた。
規制の根拠は、2018年に施行された「地域における大学の振興及び若者の雇用機会の創出による若者の修学及び就業の促進に関する法律」の第13条。学生が既に集中している「特定地域」（都の資料によると東京23区）の中で、大学が学部の新設や移転によって収容定員を増やすことを原則として禁じている。e-Gov法令検索で確認できる現行の条文では、第13条は2028年3月31日限りで効力を失う時限の規定で、政府はそれまでに施行状況を検討して必要な措置をとると附則で定めている。
都の資料は、規制によって23区の大学が学部・学科の新設、需要の高い既存学部の定員増、キャンパスの統合や再編をできないと説明した。大学からはデジタルなど成長分野の学部の設置を断念した例、若者からは選択肢が狭まるという声、経済界からは産業競争力を衰えさせるという訴えがあるとした。
効果の面でも、都は文部科学省の学校基本調査を基に、一都三県を除く43道府県の大学に進学した人の割合は規制が導入された2018年が59.5％、2025年が59.3％で、ほぼ変わっていないと示した。2040年には理系人材の需要899万人に対して供給が775万人にとどまり、124万人が不足するという推計も挙げ、成長分野を担う人材の育成に規制は逆行すると訴えた。規制を議論する有識者会議でも、撤廃を求める意見が出ているとしている。
道路・鉄道・空港・港 インフラに国の財源を
都は首都圏のインフラ整備を「東京・日本の成長を強力にけん引する」と位置づけ、事業ごとに国への要望を並べた。総事業費はいずれも都の試算で、物価高騰などで変わる見込みだと注記している。
| 分野 | 主な事業 | 総事業費（都の試算） | 国に求めること |
|---|---|---|---|
| 道路 | 首都圏三環状道路など（外環の東名高速〜湾岸道路、高速晴海線、第二東京湾岸道路） | 約4兆〜6兆円 | 計画の早期具体化、早期の事業化、事業中区間の財源確保 |
| 鉄道 | 都心部・臨海地域地下鉄、中央線の複々線化、羽田空港アクセス線（西山手ルート）など | 約2兆円 | 事業の仕組みづくりと財源確保 |
| 空港 | 羽田空港の新滑走路（構想） | 約0.6兆〜1兆円 | 新滑走路の整備の検討、拠点空港の機能強化の財源確保 |
| 港湾 | 東京港の大井コンテナふ頭の再編整備（2035年まで） | 約6,000億円 | 港湾整備予算の拡大、最先端の荷役機械の導入への財政支援 |
東京港について都は、外国貿易のコンテナ貨物量が27年連続で日本一で、全国の約4分の1を扱うと説明した。大水深の岸壁を整備している中央防波堤の外側は羽田空港に近く、大型のコンテナ船を受け入れるには、航空法に基づく高さ制限の特例を適用する必要があるとして、その適用も求めた。
成長分野では、水素とフュージョンエネルギー（核融合）の早期実用化、地域間で電力を融通する連系線の早期整備、都の施設などを使ったフィジカルAI（ロボットなど現実の世界で動くAI）の実証、植物工場や陸上養殖への財政・税制上の措置、医療データを創薬に使う基盤の早期構築などを国に求めた。
国は成長戦略の実行計画を説明 「年末までに策定」
木原官房長官は冒頭のあいさつで、高市内閣が「日本成長戦略」と「地域未来戦略」を「車の両輪」として予算編成の方針を見直すと述べた。日本成長戦略については、年末までに策定する実行計画に「複数年度にわたる予算事業を盛り込む」と説明し、地域未来戦略では「すでに全国で１００を超える計画が今策定されている」と紹介した。そのうえで「東京都が掲げる政策課題と政府が推進する政策との整合性を図るため、更に議論を深めていきたい」と述べた。
内閣官房の日本成長戦略本部事務局が示した資料によると、実行計画には、戦略17分野・62の主要な製品や技術について2030年ごろまでの5年間の国内投資の内容と額、8つの分野横断的な課題への対応策、「強く豊かな日本投資枠」を使う複数年度の予算事業を盛り込む。17分野は「足元の収益源」「今後の稼ぎ頭」「経済安全保障の強化」に分け、フィジカルAIや半導体、植物工場・陸上養殖などのフードテックを重点項目とした。推進体制については成長戦略と地域未来戦略に「推進担当官」 省庁の局長級を発令、年末の計画策定へで伝えた。
地域未来戦略本部事務局の資料は、国が主導する「戦略産業クラスター計画」を半導体、洋上風力、次世代船舶などで14件策定・公表したと示した。既存の予算とは別枠の「地域未来特別枠」を設け、複数年度の事業費と予算規模を明記した「地域未来戦略実現フレーム」（仮称）を年末までに策定するとしている。各地の計画の状況は産業クラスター計画などの公表済み計画、100件超に 10月は群馬・沖縄など28件を報告で伝えた。
協議会は、国と都が協力してグローバル都市「東京」の発展に資する施策の課題を検討する場として、今年4月8日の首相決裁で設けられた。第1回は4月10日、第2回は7月30日に開かれている。官邸の発表によると、今回の会合では国と都の説明について議論が行われたが、議論の詳しい中身や、国が都の要望にどう答えたかは公表されていない。都が反対する追加の税制措置や、23区の大学定員規制の期限後の扱いは、年末にかけての予算編成と税制改正の議論で決まる。